La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur un mois d’exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent qui sont intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail.

Elle intègre :

• Le traitement indiciaire,
• L’indemnité de résidence,
• Le supplément familial de traitement,
• Les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire.

L’assiette de la rémunération brute :

Sont exclus de l’assiette de la rémunération brute utilisée pour le calcul de l’indemnité compensatrice :

• Les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l’appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
• Les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
• Les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
• Les indemnités versées au titre d’une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l’emploi ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
• Les indemnités liées à l’organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail. Par dérogation, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées mentionnées dans le décret du 6 octobre 1950 sont incluses dans l’assiette de la rémunération brute.

En complément

• Cotisations sociales et fiscales :

L’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris est assujettie à la CSG et à la CRDS et éventuellement au RAFP pour les fonctionnaires du régime spécial.

S’agissant des agents relevant du régime général, l’indemnité est soumise au régime général et à l’IRCANTEC.

Cette indemnité est également soumise à l’impôt sur le revenu.

• Point de vigilance

Les dispositions juridiques prévoyant l’indemnité compensatrice de congés annuels pour les agents contractuels (règle du 1/10^ème dans l’article 5 du décret 88-145 du 15 février 1988) ayant été abrogées, il semble que -dans l’attente d’informations complémentaires de la DGAFP et sous réserve de l’interprétation souveraine du juge- même si les dispositions du contrat de travail prévoient une indemnité de 10%, la formule à appliquer concernant le versement de l’indemnité compensatrice soit celle issue du décret du 21 juin 2025. Cette formule est plus favorable pour les agents.

A titre d ‘exemple :

A la fin d’un contrat de droit public, l’agent contractuel qui, pour des raisons liées à l’organisation du service, n’a pas pu bénéficier de ses congés pendant la durée de son contrat percevrait une indemnité en application des nouvelles dispositions précitées (le versement d’une indemnité compensatrice à hauteur de 1/10ème de la rémunération brute n’est plus autorisé).

Références juridiques

• Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique – Légifrance
• Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique hospitalière – Légifrance